Dalam pengoperasiannya, Transjakarta didukung oleh beberapa perusahaan operator yang mengelola armada yang melayani tiap koridor. Operator tersebut yaitu:
- Unit Swakelola PT. Transportasi Jakarta (TJ) – Koridor 1-12
- PT Jakarta Express Trans (JET) (tidak beroperasi sejak 10 Juni 2013)
- PT Trans Batavia (TB) – (Tidak Beroperasi sejak Januari 2016)
- PT Jakarta Trans Metropolitan (JTM) – Koridor 4 dan 6
- PT Primajasa Perdanaraya Utama (PP) – Koridor 8
- PT Jakarta Mega Trans (JMT) – Koridor 5, 7A, dan 7B
- PT Eka Sari Lorena (LRN) – Koridor 5 dan
- PT Bianglala Metropolitan (BMP) – Koridor 9, 10, 12, dan Amari
- PT Trans Mayapada Busway (TMB) – Koridor 9 dan 10
- Perum DAMRI (DMR/DAMRI) – Koridor 1, 8, 11
- Kopaja (mulai tanggal 24 Juni 2015)-BKTB, 4, 6A, 7A, dan 7B
- Mayasari Bakti (sekitar 2016)-Direncanakan Koridor 2 dan 3
- Perum PPD – Koridor 2, 3, 4, dan 6
