Halte Transjakarta didesain berbeda dari halte angkutan umum lainnya. Ketinggian platform (lantai halte) yang diatur setinggi 110 cm dari permukaan jalan, menyesuaikan dengan tinggi pintu bus. Letak halte Transjakarta umumnya berada di tengah jalan, kecuali jalan satu arah dan jalan dengan area pembatas jalan yang minim.

Akses masuk halte yang berada di tengah jalan menggunakan jembatan penyeberangan yang dibuat landai dan terbuat dari alumunium dan baja (kecuali jembatan penyeberangan yang sudah ada sebelumnya) atau disediakan tempat penyebrangan yang biasanya terletak dekat lampu lalu lintas atau dibuat zebra cross. Halte yang berada di pinggir jalan dilengkapi dengan halte angkutan umum disamping halte Transjakarta.

Kontruksi halte didominasi oleh bahan alumunium, baja, dan kaca. Untuk beberapa koridor, konstruksi lantai halte menggunakan beton (halte baru). Ventilasi udara diberikan dengan menyediakan kisi-kisi alumunium pada sisi halte. Lantai halte dibuat dari pelat baja. Pintu halte menggunakan sistem geser otomatis yang akan lansung terbuka pada saat bus telah merapat di halte namun banyak yang tidak berfungsi. Di dalam halte disediakan tempat duduk, tempat sampah (bus tertentu), dan papan informasi mengenai rute Transjakarta ataupun lainnya.

Beberapa halte memiliki karakteristik tersendiri, terutama halte-halte transit. Halte Harmoni (HCB) serta beberapa halte setelahnya hingga halte Glodok, berdiri di atas aliran Sungai Ciliwung, yang membuatnya ditompang dengan baja berukuran besar yang melintang di atas aliran air. Untuk titik transit yang tidak berada dalam 1 halte (2 halte yang berbeda koridor namun berdekatan), disediakan jembatan akses transit yang dikhususkan untuk pengguna Transjakarta. Sementara untuk halte-halte yang termasuk dalam kelompok halte ramah difabel akan diberikan tanda dan memiliki warna tosca pada tiang ataupun plang halte tersebut. Halte ramah difabel ini adalah halte yang juga dapat dijadikan sebagai tempat transit layanan Transjakarta Cares.